Прошло два года с тех пор, как наши герои были вместе. Пути Ёродзуи разошлись, каждый отправился на свою собственную миссию. Гинтоки исследует Альтану, пытаясь раскрыть ее тайны и найти способ использовать ее в своих целях. Кагура путешествует по всему космосу, ища способ вернуть Садахару в его прежнее состояние, чтобы он мог снова быть их верным другом и защитником. А Шинпачи борется, чтобы сохранить остатки их дома и не допустить его полного разрушения.

Однако, тучи сгущаются над Эдо. Остатки Тендошу, тайной организации, которая всегда желала использовать Альтану в своих целях, снова поднимаются. Этот раз они обрушили свою банановую атаку на Центральный терминал, чтобы восстановить свою силу и воспользоваться Альтаной для своих зловещих планов.

И вот пришло время для наших друзей встать на защиту Эдо. Они должны выполнить последнее желание Шоё Йошиды, человека, который был для них наставником и защитником. Они должны спасти свое будущее и будущее Эдо. Вместе они будут сражаться, чтобы остановить Тендошу и использовать Альтану во благо, а не во зло. Их дружба и сила будут определять их успех в этой битве за свободу и мир.