В аниме "Доктор Стоун" рассказывается о Тайдзю, старшекласснике, который оказался в уникальной ситуации после масштабного взрыва магической энергии. В тот момент, когда он собирался признаться в своих чувствах любимой девушке, все люди вокруг, включая её, превратились в каменные статуи. Тайдзю, благодаря своей глубокой любви, оказался единственным, кто избежал этой участи.

Проснувшись в новом, застывшем мире, Тайдзю встречает своего друга Сэнку, который также избежал превращения в камень. Вместе они решают найти способ вернуть людей к жизни и восстановить мир, который они знали. Их путь наполнен испытаниями и открытиями, так как они должны научиться использовать научные знания в условиях, где технология и цивилизация кажутся утраченными.

В процессе своей миссии Тайдзю и Сэнку сталкиваются с различными трудностями и опасностями, но их надежда и решимость не угасают. Они готовы потратить все свои силы и время, чтобы расколоть заклятие и вернуть любимых людей, а также мир, к жизни. "Доктор Стоун" — это история о силе любви, дружбы и научного ума, которые помогают преодолеть невообразимые преграды.