История рассказывает о юноше по имени Икаруга, который остался один после трагической смерти своих родителей и бабушки. В наследство он получает лишь старый корабль и подводную лодку, что не приносит ему особого удовлетворения, так как теперь он должен самостоятельно заботиться о своем существовании в жестоком мире. Однако его жизнь кардинально меняется, когда он знакомится с молодой девушкой, также стремящейся найти наследство своей умершей бабушки. У нее есть лишь карта и некоторые координаты, которые могут указывать на местонахождение сокровища. Вдохновленный этой находкой, Икаруга отправляется в путешествие вместе с новой знакомой.

Прибыв на место, они находят не ожидаемую гору золота или старинные монеты, а старинный гроб, который, по всей видимости, пролежал там сотни лет. Несмотря на свое разочарование, Икаруга и девушка решают рискнуть и вскрывают гроб. Внутри оказывается красивая девушка, которая больше напоминает робота. Это существо представляется как Атри и сообщает, что ничего не помнит. Таким образом, Икаруге и его новой подруге предстоит помочь андроиду восстановить его память.

Это событие открывает перед главными героями серию удивительных приключений, которые полностью изменят их жизнь. В процессе их поисков и исследований они сталкиваются с множеством загадок и опасностей, которые заставляют их расти и развиваться. Эти приключения не только помогают Атри восстановить свою память, но и укрепляют связь между Икаругой и его спутницами, превращая их в настоящую команду, готовую противостоять любым испытаниям.