В 2009 году человеческая раса оказалась в центре межрасового конфликта с инопланетными цивилизациями, называющими себя зельтране и мельтране. Земляне, вынужденные покинуть свою родину, находят убежище на космической крепости Макросс, где надеются найти новый дом и вернуться на Землю.

Во время битвы с зельтранами, молодой летчик Хикару Итидзё спасает певицу Линн Минмей. Запертые на неисправном корабле, они начинают все больше узнавать друг о друге. Однако после возвращения на Макросс, Линн попадает в плен к зельтранам, а Хикару и его координатор Миса Хаясэ вынуждены вернуться на Землю только для того, чтобы столкнуться с гибелью своей цивилизации.

Теперь, единственное, что может изменить исход войны, - это найденная запись песни из далекого прошлого и голос Минмей. Они имеют силу переломить ход событий и принести надежду на победу. Хикару и Миса должны сделать все возможное, чтобы использовать эту музыку как оружие и противостоять зельтранам, чтобы спасти свою расу и вернуть мир на Землю.