В 2012 году Японию захлестнула волна Мю - загадочных существ с голубой кровью, пришедших из иного измерения. Эти существа стали известны как "Мю", и они привнесли хаос и разрушение в мир людей.

Три года спустя, в 2015 году, Мю наносят нападение на столицу Токио. Однако, под натиском гуманоидного оружия под названием "долем", захватчики вынуждены отступить. "Долем" - это таинственное оружие, созданное для борьбы с Мю, и его силы оказываются несравнимыми с силой противника.

Во время этой хаоса и разрушения, Аято Камина, старшеклассник, встречает свою одноклассницу Рэйку Мисиму. Но их встреча не проходит гладко - в тот же день они подвергаются нападению людей из правительства. Внезапно на помощь приходит женщина по имени Харука Сито, которая утверждает, что она отправлена организацией "TERRA". Она рассказывает Аятому, что Токио был запечатан во временном разрыве, где время течет с третьей скоростью по сравнению с остальным миром. Аято решает скрыться от Харуки и отправляется на поезде, где снова встречает Рэйку. В Зале Ра Аято узнает о гигантском яйце, из которого вылупился загадочный долем Ра-Зефон. Но самое шокирующее - мать Аято внезапно появляется на вершине долема, остановив вторжение "TERRA". В ходе схватки мать получает ранение, и Аято, увидев ее голубую кровь, вместе с Харукой решают бежать прочь...