В сериале "Тоару Маджутсу no Индэкс" события разворачиваются в Академия-Сити, технологически продвинутом городе, расположенном на западе от Токио. Здесь люди изучают усовершенствованные наукой способности, их называют эсперами. Но в этом мире есть и место для магии.

Главный герой, Тома Камидзё, является учеником Академия-Сити и обладает уникальной правой рукой, которая обладает силой под названием "разрушитель воображения". Любая магия или способность эсперов, к которой он прикасается своей рукой, мгновенно рассеивается, включая его собственную удачу. Эта особенность ставит его в центр внимания и конфликта между магами и эсперами.

В один прекрасный день, на перилах своего балкона, Тома обнаруживает висящую девушку в монашеских одеждах. Оказывается, она монахиня из Несессариуса, секретного магического отделения Церкви Англии. Ее имя - Индекс, и в ее разуме хранится невероятное количество запрещенных церковью книг - 103 000. Эта встреча и необычная сила Томы переносят его в средоточие конфликта между магами и эсперами, где он сталкивается с опасностями и тайнами, связанными с магией и мистическими существами.