Анна Сасаки - тихая и замкнутая девочка, которая всегда была одинокой. Живя с приемными родителями и страдая от астмы, она находит утешение в искусстве рисования. Однако ее жизнь меняется, когда она отправляется в маленький провинциальный городок, чтобы погостить у своих родственников - Киёмасы и Сэцу Оива, семьи ее приемной матери Ёрико.

Но этот городок оказывается далеко не таким скучным и предсказуемым, каким кажется на первый взгляд! Здесь находится загадочное поместье "Дом на отмели", которое привлекает внимание Анны. Вскоре она встречает Марни - загадочную девочку, живущую в этом великолепном доме. Девочки быстро становятся лучшими подругами, но однажды Марни исчезает, и в дом въезжает новая семья - Саяки. Это становится началом для Анны, чтобы узнать о своей подруге нечто новое и странное.

В процессе своего путешествия по воспоминаниям и тайнам Марни, Анна раскрывает многое о себе и своей семье. Она узнает о том, что некоторые события в ее прошлом были далеко не такими, как она их воспринимала. Вместе с новыми друзьями и семьей она сталкивается с неожиданными открытиями и понимает, что даже самые темные тайны могут привести к истине, преобразуя ее жизнь навсегда.