Увлекательные и порой опасные приключения юного парня по имени Сатоси и веселого Пикачу продолжаются. За время странствий они очень полюбили друг друга и теперь не представляют свою жизнь в дали друг от друга. Объединив свои усилия, они принесли много пользы человечеству. Друзья узнали много нового и интересного, а главное, подружились с другими покемонами и людьми.

Однажды отважные напарники отправляются в новый путь. Они намерены добраться до древнего города, имеющего название Дахар. Но ребята не предполагали, что новое путешествие готовит им ряд сложных испытаний. Город Дахар славится тем, что около ста лет назад в нем случилась жуткая история. Один покемон решил полностью уничтожить пустынный город и наслал на него природные катаклизмы.

Среди обычных горожан нашелся храбрый мужчина. Он с помощью хитрости сумел изловить злого покемона и заточить его в стеклянный сосуд. С тех пор в городе воцарились мир и тишина. Но не все на этом свете прочно, и после стольких лет стенки сосуда начинают разрушаться. Ослабление темницы покемона как раз совпало с появлением в городе новых покемонов. Главные герои и их новые знакомые вступят в новую схватку. Смогут ли они и на этот раз одержать победу?